Il était une fois en Chine se déroule à la fin du dix-neuvième siècle à Fa Shan, dans la région de Canton, au sud de la Chine. Tandis que les puissances coloniales européennes et américaines s’y affrontent pour le contrôle du commerce maritime, les premiers signes d’occidentalisation commencent à percer dans la société chinoise : la musique, les coutumes, les modes vestimentaires s’imposent, des prêtres catholiques tentent d’évangéliser la population, les machines à vapeur font leur apparition… ainsi que les armes à feu, qui représentent une menace nouvelle pour les pratiquants d’arts martiaux.

Dans ce climat politique tendu, Wong Fei-hung, docteur en médecine chinoise, maître de kung-fu et chef instructeur de l’armée du Dragon Noir, est chargé par le commandant Lau de maintenir l’ordre durant les guerres qui éloignent ses troupes de la région, afin de sauvegarder ce qui reste de paix et de stabilité. Partagé entre ses sentiments pour Yee, une parente éloignée (qu’il appelle sa “tante”) de retour après de longues études en Angleterre qui l’ont totalement “occidentalisée”, et la gestion de sa clinique, où affluent de plus en plus de blessés par balle, Wong Fei-hung tente, envers et contre tous, de s’acquitter de ses nouvelles responsabilités. Mais la tâche est rude…